Příběh o pekaři Matějovi, kterého u dvora považují za omládlého císaře Rudolfa II., nebyl pro poúnorovou kinematografii zrovna typický. Stejně tak bylo podivné, že prostor pro natočení tak nákladného filmu dostal zrovna Jan Werich, jehož dlouholetý parťák Jiří Voskovec emigroval do Ameriky. Tehdejší komunistické vedení ale podobný film potřebovalo. Divadelní hra Voskovce a Wericha Golem poskytla skvělý námět, který se mohl vyvézt do zahraničí a přesvědčit západní kritiky, že Československo dovoluje Werichovi svobodně tvořit. Golem vyrobený židovským učencem měl pak Západ ujistit o tom, že ve východním bloku nevznikají žádné antisemitské nálady.

Díky tomu, že byl Císařův pekař a Pekařův císař určen pro export do západních zemí, se také natáčelo na barevný film. Rozpočet byl velkorysý, výprava důkladná. Režie se původně ujal Jiří Krejčík, který se úkolu zhostil s pečlivostí sobě vlastní. Pro role dvorních dam vybral přední manekýny z podniku Textilní tvorba, oslovil muzea a galerie, aby pro film zapůjčily opravdová umělecká díla, drahé látky pro kostýmy nechal ušít na zakázku ve Varnsdorfu. Kostýmy a dekorace navrhl mistr svého oboru Jiří Trnka.

Všechno šlo jako na drátkách, dokud se Krejčík nestřetl s představitelem hlavní dvojrole Janem Werichem. Paličatý herec měl rozvolněnou pracovní morálku a zdálo se, že víc než práce ho zajímají vnadné manekýnky. Po večerech si neodpustil bujaré pitky, po nichž se ráno dostavoval před klapku s opuchlýma očima a v polospánku.

Bez Wericha to ale nešlo. Krejčík nakonec jako moudřejší ustoupil a v pozici režiséra ho nahradil Martin Frič, který to s Werichem lépe uměl. Ihned se třeba dohodli na změnách ve scénáři a přeobsazení některých rolí. Irenu Kačírkovou, která měla hrát Sirael, například nahradila Nataša Gollová. Panuje domněnka, že jí tvůrci chtěli pomoci zpátky na scénu poté, co kvůli vztahu s Němcem přišla o přízeň publika i o filmové příležitosti.

Když potom výsledný film viděl tehdejší ministr kultury Zdeněk Nejedlý, úplně se zděsil. Nic nepomohlo, že snímek oslavoval prostý, pracovitý lid, vysmíval se šarlatánské alchymii a apeloval na kolektivního ducha dělnické třídy. Werich s Fričem si s filmem udělali, co chtěli, nedostáli vyžadovanému stupni propagandy a oba načas dostali zákaz tvorby. Na druhé straně byl uražený také Jiří Voskovec, kterého titulky zapomněly zmínit jako spoluautora námětu. Werich zkrátka naštval, koho mohl. Ale zároveň potěšil celé generace televizních diváků.